แคว้นน่านได้ดำรงอิสระมา ๗๒ ปี เจ้าเมืองได้สืบสมบัติผลัดเปลี่ยนกันต่อๆ มาพอถึงเจ้าอินต๊ะแก่นท้าว ใน พ . ศ . ๑๙๙๓ ก็เสียเมืองแก่พระเจ้าติโลกราชเจ้านครเชียงใหม่
มูลเหตุที่จะเกิดสงครามกับเชียงใหม่ขึ้นคราวนี้ ได้ความตามพงศาวดารโยนกว่าท้าว - ลกราชบุตรที่ ๖ แห่งเจ้าพระยาสามฝั่งแกนเจ้านครเชียงใหม่ ได้ชิงสมบัติจากพระราชบิดาปราบดาภิเษกเป็นพระมหาศรีสุธรรมธิโลกราชขึ้นในนครเชียงใหม่แล้ว ครั้นล่วงมาถึงจุลศักราชที่ ๘๐๕ ( พ . ศ . ๑๙๘๖ ) พระยาแก่นท้าวเจ้าเมืองน่านแต่งกลอุบายให้ไปทูลพระเจ้าเชียงใหม่ว่าศึกแกว ( ญวน ) จักมาตกเมืองน่าน ขอกองทัพเมืองนครเชียงใหม่มาช่วยรักษาเมือง พระเจ้าเมืองเชียงใหม่ไม่ระแวงพระทัยสำคัญว่าจริง จึงแต่งทัพให้ยกมารักษาเมืองน่าน ก็มิได้มีศึกแกวยกมาพระยาแก่นท้าวเจ้าเมืองน่านกระทำกลอุบายหลอกลวงต่างๆ
พระเจ้าติโลกราชได้ทรงทราบว่าเจ้าเมืองน่านหลอกลวง ดังนั้นก็ทรงพระพิโรธจึงเสด็จยกกองทัพหลวงมาตีเมืองน่าน ตั้งล้อมเมืองขับเคี่ยวกันอยู่เป็นแรมปีจึงได้เมือง พระยาแก่นท้าวเจ้าเมืองน่านหนีลงไปพึ่งพระเจ้ากรุงศรีอยุธยา พระเจ้าติโลกราชจึงตั้งให้ท้าวผาแสนผู้น้องพระยาแก่นท้าวเป็นเจ้าเมืองน่านต่อไป
ฝ่ายข้างพงศาวดารเมืองน่านกล่าวว่า ในปีจุลศักราช ๘๑๒ ( พ . ศ . ๑๙๙๓ ) เจ้าอินต๊ะแก่นท้าวเจ้าเมืองน่านแต่งทูตให้นำเอาเกลือบ่อมางไปเป็นบรรณาการถวายพระเจ้าติโลกราชยังนครเชียงใหม่ ครั้นต่อมา พระเจ้าติโลกราชมีพระทัยปรารถนาใคร่ที่ได้เมืองน่านไปส่วยค้ำเมืองเชียงใหม่ จึงยกกองทัพมาติดเมืองและเสียเมืองแก่พระเจ้าติโลกราชในปีนั้น และเจ้าอินต๊ะแก่นท้าวหนีลงไปพึ่งพระยาชะเลียง ( พระยายุทธิศฐิร )
ข้อแตกต่างของสองตำนานนี้ที่สำคัญก็คือ สาเหตุในการทำสงคราม ตำนานทางเชียงใหม่ว่าฝ่ายน่านหลอกลวง แต่ฝ่ายเมืองน่านก็ว่าเมืองเชียงใหม่ต้องการเมืองน่านไปเป็นเมืองส่วยเกลือ ความจริงคงจะเป็นว่าเจ้าอินต๊ะแก่นท้าวได้ส่งบรรณาการไปเมืองเชียงใหม่จริง แต่เพียงเพื่อขอความพิทักษ์รักษาในยามที่จะมีศึกมาติดเมืองน่าน ซึ่งมีข่าววี่แววอยู่บ้าง ข้อนี้เป็นความจริงเพราะหลังจากเมืองน่านไปขึ้นแก่เชียงใหม่แล้วไม่ช้า ก็มีศึกหลวงพระบางและแกวตกมาเมืองน่านในระยะใกล้ๆ กัน คงจะไม่ใช่หลอกลวงตามตำนานเชียงใหม่กล่าวเป็นแน่ เพราะอยู่ดีๆ จะไปหาเหตุมาสู่บ้านเมืองก็ผิดวิสัย นอกจากนี้ข้อความอื่นๆ ยกเว้นแต่ศักราช ซึ่งควรเชื่อตามที่กล่าวไว้ในพงศาวดารเมืองน่าน เพราะกล่าวไว้ชัดเจนว่า
เมืองเชียงใหม่ปกครองเมืองน่านในยุคนี้ มีข้อที่น่าสังเกตคือ แต่เดิมมาเมืองน่านจัดการปกครองโดยพลการตนเองทุกอย่าง ที่เป็นข้อสำคัญก็คือการสืบสมบัติเป็นเจ้าเมือง ก็ย่อมเป็นไปโดยสืบสันติวงศ์หรือโดยความพร้อมใจของพลเมืองอันเชิญขึ้น เป็นการภายในบ้านเมืองทั้งสิ้น แม้จะตกไปเป็นเมืองขึ้นของเมืองอื่น เช่น เมื่อครั้งกรุงสุโขทัยก็เพียงแต่ส่งเครื่องราชบรรณาการเท่านั้นประเทศที่ ปกครองมิได้ยื่นมือเข้ามาเกี่ยวข้องกับกิจการภายในบ้านเมืองของเมืองน่าน แต่เมื่อพระเจ้าติโลกราชได้ปกครองเมืองน่านแล้ว ได้มีการเปลี่ยนแปลงเป็นครั้งแรกในเรื่องการตั้งเจ้าเมืองซึ่งสุดแล้วแต่พระทัยของพระเจ้าเชียงใหม่จะเห็นสมควรแต่งตั้งผู้ใดผู้หนึ่งเป็นประมาณ ฉะนั้น ผู้ดำรงตำแหน่งเป็นเจ้าเมืองน่านในยุคนี้ จึงไม่จำกัดว่าจะต้องลงทางสายสกุลเจ้าเมืองน่าน หรือโดยความเห็นของชาวเมืองหรือไม่ ความเป็นประเทศราชของเมืองน่านได้ถูกจำกัดลงอีกชั้นหนึ่ง ในทำนองที่จะคุมเมืองน่านให้คงเป็นดินแดนของเมืองเชียงใหม่โดยมั่นคง ส่วนการป้องกันบ้านเมืองนั้นได้รับความคุ้มครองทันท่วงทีและเหตุการณ์ดีขึ้น การพระศาสนาได้ย่างขึ้นสู่ความเจริญ พระมหาธาตุแช่แห้งอันเป็นปูชนียสถานประจำบ้านเมือง ซึ่งพระยาการเมืองสร้างขึ้นภายหลังเป็นที่รกร้างเลื่อนลอยไป ก็ได้บูรณะปฏิสังขรณ์ให้คืนดีขึ้นในสมัยนั้น
เมืองน่านได้อยู่ในความปกครองของเมืองเชียงใหม่มาได้ ๑๐๘ ปี ใน พ . ศ. ๒๑๐๑ พม่าปราบลานนาไทยราบคาบ เมืองน่านก็ตกไปเป็นเมืองขึ้นของพม่าสืบมาแต่กาลนั้น
ที่มา : ประวัติมหาดไทยส่วนภูมิภาคจังหวัดน่าน . อ่างทอง : วรศิลป์การพิมพ์ , ๒๕๓๐ | 
